Pokémon Diamondissa ja Pearlissa on pieniä eroja. Kummassakin pelissä on 20 eri Pokémonia, joita ei saa toisessa. Sen lisäksi jotkut Pokémonit ovat toisessa pelissä harvinaisempia kuin toisessa pelissä. Myös Undergroundin esineet (joita kaivetaan) ovat toisessa harvinaisempia kuin toisessa.

Seuraavat Pokémonit saa vain Diamondista:
Seel, Dewgong
Scyther, Scizor
Murkrow, Honchkrow
Larvitar, Pupitar, Tyranitar
Poochyena, Mightyena
Aron, Lairon, Aggron
Kecleon
Cranidos, Rampardos
Stunky, Skuntank
Dialga

Seuraavat Pokémonit saa vain Pearlissa:
Slowpoke, Slowbro, Slowking
Pinsir
Houndour, Houndoom
Stantler
Spheal, Sealeo, Walrein
Bagon, Shelgon, Salamence
Misdreavus, Mismagius
Shieldon, Bastiodon
Glameow, Purugly
Palkia

Underground kaivauksien erot:

Shardit:
Yellow Shard D: tavallinen P: harvinainen
Blue Shard D: tavalinen P: harvinainen
Red Shard D: harvinainen P: tavallinen
Green Shard D: harvinainen P: tavallinen

Fossiilit (laitoin valmiiden Pokémonien nimet selkeyden vuoksi):
Omanyte D: harvinainen P: hyvin harvinainen
Kabuto D: hyvin harvinainen P: harvinainen
Anorith D: harvinainen P: hyvin harvinainen
Lileep D: hyvin harvinainen P: harvinainen

Sphearit:
Pale Sphear D: hyvin harvinainen P: harvinainen
Prism Sphear D: harvinainen P: hyvin harvinainen

Stoneja:

Stonejen harvinaisuus on aika vaikea luokitella, itselläni on Diamond ja löydän melkein koko ajan Fire Stoneja (on nyt noin 50+) ja usein Thunder Stoneja (40+) Sun Stoneja on n. 15, Water 5-10, Leaf n.3 ja Moon 2. Oletan, että Pearlissa se on toisin päin. 

Olen luokitellut ne numeroina 1 = yleinen, 6 = todella harvinainen. Suuntaa antava luettelo:

Fire Stone         D: 1   P: 4
Thunder Stone D: 2   P: 5
Sun Stone         D: 3   P: 6
Water Stone      D: 4   P: 1
Leaf Stone         D: 5   P: 2
Moon Stone       D: 6   P: 3